Валидация аналитических методик для малорастворимых веществ (БКС II/IV), таких как апрепитант, в водных средах осложнена нестабильностью проб на этапе подготовки. Цель исследования — выявить механизм потери аналитического сигнала апрепитанта при фильтрации и определить условия для точного анализа. В работе изучено влияние материалов мембран (PES, PVDF, Nylon, PP) на концентрацию вещества методом УФ-спектрофотометрии. Установлено, что фильтрация водных растворов приводит к критическим потерям аналита, варьирующим от 15,1% (PP) до 83,9% (PES) в зависимости от исходной концентрации. Доказано, что основным фактором потерь является не пассивная адсорбция, а механически индуцированная гетерогенная нуклеация на поверхности мембраны, подтвержденная ростом оптического рассеяния в области 300–500 нм. Фракционная фильтрация выявила аномальные эффекты десорбции на фильтрах PES. Показано, что использование кислой среды (0,1 М HCl) предотвращает нуклеацию за счет протонирования молекулы: потери при фильтрации снижаются до статистически незначимых величин (<1,6%). Для обеспечения точности анализа апрепитанта рекомендуется исключить фильтрацию нейтральных водных растворов, заменив ее центрифугированием, либо использовать кислые среды растворения.